Les Heroes luttent pour retrouver une vie ordinaire quatre mois après les évènements explosifs à New York. Mais de nouvelles menaces mortelles se profilent à l'horizon avec l'émergence partout dans le monde d'individus dotés de pouvoirs...
En ce début de deuxième saison d'Heroes, les destins de Peter (Milo Ventimiglia), Nathan (Adrian Pasdar) et Matt (Greg Grunberg) sont révélés, suite à l'épreuve de force avec Sylar (Zachary Quinto) et l'explosion nucléaire de Peter au-dessus de New York. Tout le monde tente maintenant de passer à autre chose, mais une force obscure commence à poursuivre et assassiner des Heroes.
La famille Bennet a déménagé au Sud de la Californie et H.R.G. (Jack Coleman) et Claire (Hayden Panettiere) essaient de vivre aussi discrètement que possible... Ce qui s'avère plus facile à dire qu'à faire. Pendant ce temps, téléporté dans un Japon féodal, Hiro (Masi Oka) rencontre son heros Takezo Kensei (David Anders).
Les jumeaux Maya (Dania Ramirez) et Alejandro Herrera (Shalim Ortiz) espèrent, eux, pouvoir passer la frontière mexicaine pour aller aux Etats-Unis, dans l'espoir de trouver de l'aide avec leurs dons mortels...
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